إيماناً من المؤسستين بأهمية توثيق روابط فيما بينها، وتبادل الخبرات العلمية بغية تحقيق أهدافها المشتركة المتمثلة في تعزيز القيم الإسلامية المستمدة من البعد الحضاري للأمة وإحياء فقه المقاصد، إضافة إلى التعاون المشترك في تنظيم المؤتمرات والندوات والدورات التدريبية في مجال مقاصد الشريعة
وقعت المؤسستان اتفاقية التعاون والتفاهم يوم الخميس الموافق 18/09/2014م في المقر الرئيسي للمنتدى العالمي للوسطية والتي تشمل تنظيم المؤتمرات والندوات وورش العمل وتبادل المطبوعات العلمية المختلفة ودعوة كل طرف الآخر بحضور المؤتمرات والندوات التي ينظمها.
بعد ذلك قدم الأمين العام للمنتدى العالمي للوسطية درع المنتدى للسيدين صالح شهسواري مدير مؤسسة الفرقان للتراث الإسلامي والسيد محمد دريوش رئيس قسم المشاريع في مؤسسة الفرقان.
ومؤسسة الفرقان مؤسسة أسسها معالي الدكتور أحمد زكي يماني في السعودية ولها فرع في العاصمة المصرية وتُعنى بالحفاظ على التراث الإسلامي وأنشطة التوثيق وعمل الدراسات الإسلامية الهادفة.